Die katholische Kirche St. Joseph gilt nicht nur als die älteste Kirche Hamburgs, sondern auch als die älteste katholische Gemeinde Norddeutschlands nach der Reformation. So wird sie immer wieder als Mutterkirche des Nordens bezeichnet.
Die Reformation setzte sich im 16 Jahrhundert im einst katholischen Hamburg soweit durch, dass kaum noch Katholiken innerhalb Hamburgs geduldet wurden. Damals war Altona noch eine Stadt vor den Toren Hamburgs.
1589 kam der florentinische Kaufmann, Alessandro della Rocca nach Hamburg und Altona. Vor allem die Grafen von Pinneberg – denen Altona damals noch gehörte – profitierten von den internationalen Vernetzungen des Italieners und anderer Katholiken. Auf diesem Weg konnte della Rocca einen Grundstein für die heute noch bestehende Gemeinde in St. Joseph legen. Vermutlich aufgrund von wirtschaftlichen Interessen wurde dem Kaufmann trotz seiner Religion erlaubt, Handel zu treiben und seinen Glauben auszuüben.
Alessandro della Rocca stand im engen Kontakt mit dem Schauenburger Grafen Adolf XIV., dessen Grafschaft unter anderem das Amt in Pinneberg, wozu Altona gehörte, umfasste. Nach einiger Zeit erhörte der Graf della Roccas Bitte, katholische Gottesdienste in der Grafschaft abhalten zu dürfen. Auch ein Jesuitenpater soll vermutlich von della Rocca um 1591 nach Hamburg geholt wurden sein, um seelsorgerische Arbeit zu leisten.
Am 1. Juli 1594 wurde dem Kaufmann eine schriftliche Zusage der freien Religionsausübung für zunächst 3 Jahre ausgestellt. Das war der Grundstein für die katholische Gemeinde in Altona. Im Laufe der Zeit kaufte della Rocca verschiedene Grundstücke in Altona und ließ ein Haus mit Kapelle, die sogenannte Jesuitenmission, erbauen. Auch wurde die Zusage zur Religionsfreiheit immer wieder verlängert.
Später führte ein Streit zwischen den Jesuiten und dem gräflichen Münzmeister zur Ausweisung der Jesuiten aus Altona.
Nach dem Tod Graf Ernst III. um 1622 erwirkte Martin Stricker, Domherr zu Hildesheim, dass wahrscheinlich in der Gegend der Großen Freiheit ein Haus gemietet und wieder Messen gefeiert wurden. Auch die Jesuiten kamen in seinem Auftrag wieder zurück nach Altona. Doch schon während des 30-jährigen Krieges wurde das gemietete Haus zerstört und die Katholiken von der Großen Freiheit vertrieben.
Nach dem Tod des letzten Schauenburger Grafen ging das Gebiet an Herzog Friedrich III., der zugleich König von Dänemark war. Dieser erlaubte den Katholiken in Altona, wieder ein Haus zu mieten und in aller Stille ihr „Religionsexercitium“ abzuhalten.
1660 wurde auf der Großen Freiheit ein weiteres Haus gekauft, das zu einer Kapelle umgebaut wurde, die den heiligen Joseph als Namenspatron hatte. Doch schon 1713 ließen die Schweden nach einer Niederlage gegen die Dänen die gesamte Stadt Altona niederbrennen und zerstörten damit auch die Kapelle. Nach dieser Zerstörung entstand der Wunsch bei den Katholiken, eine große Kirche zu erbauen.
Nach dem Erwerb weiterer Grundstücke, um Platz für einen Kirchenbau zu schaffen, wurde am 21. Juni 1718 der Grundstein für die noch heute stehende barocke Kirche St. Joseph gelegt. Der Grundsteinleger war Graf Christoph Ernst Fuchs von Bimbach. Als er verstarb, war gerade die Krypta der Kirche fertig geworden, in der er auch seine letzte Ruhestätte fand. Die Gemeinde von St. Joseph feierte schon im Rohbau der Kirche Gottesdienste, ehe diese ca. 5 Jahre später fertiggestellt wurde.
1874 wurde das Kirchengrundstück durch den Ankauf der Häuser Große Freiheit Nr. 47 und Pfeiffersgang 3/9 (heute Simon-von-Utrecht-Straße) vergrößert.
Am 28.Juli 1944 explodierte eine Luftmine in der Krypta unter dem Chorraum und zerstörte die ganze Kirche bis auf die Fassade. Aufgrund des umliegenden Millieus wurde ein Standortwechsel der Kirche erwogen. Da aber die Fassade noch intakt war, wurde 1953 entschieden, die noch immer unter Denkmalschutz stehende Kirche wieder aufzubauen. Die Fertigstellung der Kirche fand im Jahr 1955 statt. Das bekannte Glockenspiel erklang erstmals am 19. Dezember 1961 über der Großen Freiheit.
1969 wurde die Becker-Orgel in die Kirche eingebaut. 1991 gab es umfangreiche Sanierungsmaßnahmen am Außenmauerwerk der Kirche und im Jahr 1993 begannen die Renovierungsarbeiten im Kirchenraum mit barock-typischer Farbgebung.
Nach dem 1. und 2. Weltkrieg war St. Joseph immer wieder ein Anlaufpunkt für polnische Emigranten. So kam 1983 die polnische Mission nach St. Joseph und erhielt im ehemaligen Schulhaus von St. Joseph ein eigenes Pfarrbüro. Bis heute feiert die polnische Mission regelmäßig Gottesdienste in polnischer Sprache in der Kirche St. Joseph.
2008 wurden bei Vermessungsarbeiten Gebeine, die in den zugemauertem Gruftgewölbe der Kirche lagen, wiederentdeckt. Außerdem stießen die Archäologen auch auf den ältesten Friedhof von St. Joseph, der die erste Kapelle 1660 umgab und auf dem die neue Kirche angelegt wurde. Die Gebeine von rund 350 Menschen wurden in den vergangenen Jahren geborgen. Für diese Gebeine wurde die Krypta renoviert und ein Beinhaus integriert, welches zum Fest Allerseelen 2015 feierlich eingeweiht wurde.
Eine Dokumentation über die Geschichte des barocken Hochaltars aus der Kirche St. Joseph-Altona von Benedikt Möller finden Sie hier.
Die Festschrift zum 400-jährigen Bestehen der Gemeinde St. Joseph aus dem Jahr 1994 finden Sie hier.